При разработке сложных проектов вы всегда создаете кастомные модули, которые должны решать ту или иную не стандартную задачу, а чем сложнее проект, тем обширнее становится файловая структура вашего модуля. Например, для себя, еще с 7й версии Drupal, я структуру (иерархию) модуля делил по следующему принципу: